Korban jiwa, sumber ekonomi, and kehilangan rumah dirasakan warga Kesatuan Soviet dan langsung menimbulkan kritikan terhadap dasar-dasar pendudukan yang diamalkan penduduk . Leonid Brezhnev meninggal pada tahun 1982, dan setelah 2 pengganti yang hidup sebentar, Mikhail Gorbachev mengambil alih pemerintahan pada Mac 1985. Saat Gorbachev membuka sisten negara, ini menjadi jelas bahawa Kesatuan Soviet berharap untuk menemukan jalan yang aman untuk mundur dari Afghanistan.

Pemerintahan Presiden Karmal yang didirikan tahun 1980 serta dikenali sebagai suatu rejim boneka sama sekali tidak mempunyai pengaruh. Hal ini melemahkan dengan divisi di dalam Parti Demokrasi Rakyat Afghanistan dan puak Parcham dalam usaha rezim untuk memperluas dukungan untuk mereka terbukti sia-sia.

Moscow datang untuk memberitahu kepada Karmal atas kegagalan dan menyalahkan dia untuk masalahnya. 1 tahun kemudian, saat Karmal tidak memiliki kemampuan untuk mengkonsolidasi pemerintahannya telah menjadi nyata, Mikhail Gorbachev, lalu Sekjen Parti Komunis Soviet menyatakan:

Pada bulan November tahun 1986, Mohammad Najibullah, ketua polisi rahasia Afghanistan (KHAD), dipilih sebagai presiden dan konstitutional baru digunakan. Dia juga memperkenalkan kebijakan 1987 tentang "rekonsiliasi nasional," dirancang oleh ahli Parti Komunis Kesatuan Soviet, dan nantinya digunakan di daerah lain di dunia. Walaupun pengharapan tinggi, kebijakan baru membuat rezim Kabul lebih populer, maupun meyakinkan pemberontak untuk bernegosiasi dengan pemerintah yang berkuasa.

Negosiasi informal untuk mundurnya Soviet dari Afghanistan telah berlangsung sejak tahun 1982. Tahun 1988, pemerintah Pakistan dan Afghanistan, dengan Amerika Syarikat dan Kesatuan Soviet melayani sebagai penjamin, ditandatangani kesetujuan penyelesaian perbedaan yang mereka ketahui sebagai persetujuan Geneva. PBB mempersiapkan misi spesial untuk mengawasi proses. Dalam jalan ini, Najibullah telah menstabilkan posisi politiknya cukup untuk tandingan pergerakan Moscow menuju penarikan diri. Pada tanggal 20 Julai 1987, penarikan diri pasukan Soviet dari Afghanistan diumumkan. Pengunduran diri pasukan Soviet direncanakan oleh Boris Gromov, yang, pada waktu itu, adalah komandan pasukan ke-40 Kesatuan Soviet.

Di antara hal lain, Persetujuan Geneva mengidentifikasikan ketidakikutcampuran Amerika Syarikat dan Kesatuan Soviet dalam peristiwa di Pakistan dan Afghanistan dan daftar pengunduran pasukan Soviet. Persetujuan tentang penarikan diri disetujui, dan pada tanggal 15 Februari, 1989, pasukan Soviet yang terakhir meninggalkan Afghanistan.